Aliments fermentés : ce que l’étude de Stanford a vraiment révélé sur votre intestin

Choucroute, kéfir, kimchi, kombucha : les aliments fermentés sont passés de la cave de grand-mère à la vedette du bien-être. Pour une tendance alimentaire, celle-ci s’appuie sur un essai randomisé de référence, mené à Stanford et publié dans Cell. Voici ce qu’est vraiment la fermentation, ce que cette étude a réellement révélé, quels produits de supermarché ne comptent pas et le groupe de personnes pour lequel ces conseils se retournent contre lui.

Ce qu’est vraiment la fermentation

Selon la définition consensuelle scientifique, les aliments fermentés sont des aliments fabriqués par croissance microbienne souhaitée et conversions enzymatiques des composants alimentaires [1]. Les microbes (bactéries lactiques, levures, moisissures, selon l’aliment) transforment les sucres et autres composants en acides, gaz et composés aromatiques. C’est ce qui transforme le chou en choucroute, le lait en kéfir et en yaourt, le soja en miso et le thé sucré en kombucha.

Deux distinctions utiles issues du document de consensus [1]. Premièrement, fermenté ne signifie pas automatiquement « vivant » : le pain et la bière sont fermentés, mais leurs microbes ne survivent pas à la cuisson ou au filtrage, et de nombreux produits de supermarché sont pasteurisés après fermentation. Deuxièmement, fermenté n’est pas synonyme de probiotique : les probiotiques sont des souches définies, administrées à des doses précises et dont les effets sont documentés [2], tandis que le mélange microbien de votre pot de choucroute est merveilleux mais non standardisé. Les deux peuvent être bénéfiques. Leurs allégations diffèrent simplement.

L’essai de Stanford : ce qui s’est réellement passé

Dans l’étude qui a placé les aliments fermentés sur la carte scientifique, les chercheurs ont réparti de manière aléatoire des adultes en bonne santé entre un régime riche en fibres et un régime riche en aliments fermentés pendant 17 semaines, tout en suivant leurs microbiomes et un large panel de marqueurs immunitaires [3]. Le groupe consommant des aliments fermentés a présenté deux résultats dignes d’être retenus : une diversité du microbiote intestinal en augmentation constante et une diminution d’un large panel de marqueurs inflammatoires dans le sang [3]. Fait intéressant, le groupe consommant un régime riche en fibres a développé les enzymes de son microbiote chargées de traiter les glucides, mais n’a pas gagné en diversité pendant la durée de l’étude [3].

Pour être tout à fait honnête : il s’agit d’un seul essai, mené sur des adultes en bonne santé pendant 17 semaines. Cela ne fait pas du kimchi un médicament. Mais parmi les interventions alimentaires, un essai randomisé montrant une diversité accrue et une inflammation réduite constitue l’une des meilleures preuves disponibles pour des aliments du quotidien, et c’est pourquoi nous considérons les aliments fermentés comme l’une des habitudes individuelles les mieux étayées pour l’intestin, aux côtés des fibres et de la diversité végétale [4].

Le piège du supermarché : les ferments morts

Voici un détail pratique que la plupart des articles omettent : la choucroute en pot longue conservation est généralement pasteurisée, c’est-à-dire traitée à la chaleur, ce qui signifie que ses bactéries sont mortes. Il en va de même pour de nombreux cornichons (souvent simplement conservés dans du vinaigre, sans aucune fermentation) et certains kombuchas. Si les cultures vivantes comptent pour vous, recherchez des produits réfrigérés portant la mention de cultures vivantes/actives ou de ferments non pasteurisés, ou fabriquez-les vous-même : la choucroute nécessite du chou, du sel et de la patience. Le yaourt et le kéfir contenant des cultures vivantes restent les options les plus faciles à trouver dans un supermarché allemand.

Comment commencer sans en faire trop

Les participants à l’étude de Stanford ont augmenté progressivement leur consommation jusqu’à plusieurs portions par jour [3], et le mot clé est « progressivement » : les aliments fermentés constituent un nouvel apport pour votre écosystème, et passer de zéro à un pot de kimchi par jour peut entraîner une phase d’adaptation accompagnée de ballonnements. Commencez par une portion par jour (un yaourt, un verre de kéfir, une fourchette de choucroute crue avec un repas), maintenez cette habitude pendant une ou deux semaines, puis augmentez. Varier les différents ferments est préférable à des doses héroïques d’un seul produit.

L’exception importante : l’histamine

Un groupe devrait lire cet article différemment : les aliments fermentés comptent parmi les aliments les plus riches en histamine qui existent, et l’histamine est précisément ce que les personnes souffrant d’intolérance à l’histamine peinent à décomposer [5]. Si le fromage affiné, le vin rouge, le salami ou les restes d’hier vous provoquent systématiquement des maux de tête, des bouffées vasomotrices ou des troubles intestinaux, ne vous forcez pas à manger du kimchi sous prétexte qu’une étude l’a recommandé. Lisez d’abord notre article sur l’intolérance à l’histamine et l’intestin. C’est l’exemple le plus clair de pourquoi il n’existe pas de conseils universels pour l’intestin.

Aliments fermentés versus gélules probiotiques

C’est une question légitime : si vous voulez des microbes vivants, pourquoi choisir un aliment plutôt qu’une gélule ? Les deux ont leur place, et nous avons rédigé une évaluation objective des preuves concernant les probiotiques. En bref : les gélules s’imposent lorsqu’une souche spécifique étudiée correspond à une indication précise, comme la prévention de la diarrhée associée aux antibiotiques [2]. Les aliments fermentés s’imposent comme une habitude quotidienne : ils sont naturellement riches en nutriments, peu coûteux, et les meilleures données randomisées que nous ayons sur les régimes quotidiens (diversité accrue, inflammation réduite) ont été obtenues avec des aliments, et non des gélules [3].

Observer ce que cette habitude fait à votre écosystème

Les aliments fermentés sont un levier que vous pouvez réellement mesurer. Une analyse approfondie du microbiote révèle votre diversité (le paramètre exact qui a augmenté dans l’essai de Stanford [3]), la présence de vos principales espèces bénéfiques et la capacité fonctionnelle de votre communauté microbienne. Notre analyse Microbiome 360° cartographie cela au niveau des espèces grâce à la métagénomique shotgun. Un bilan initial, suivi d’un contrôle après trois ou quatre mois de cette nouvelle habitude, transforme le « je pense que ça m’aide » en données. Si vous souhaitez avoir une vue d’ensemble de l’alimentation de votre écosystème, associez cet article à notre guide sur les fibres : les données de Stanford suggèrent que les fibres et les ferments sont des partenaires, et non des rivaux [3].

En résumé

Les aliments fermentés sont l’une des rares tendances du bien-être à l’appui d’un essai randomisé : 17 semaines d’un régime riche en aliments fermentés ont augmenté la diversité du microbiote et réduit les marqueurs inflammatoires chez des adultes en bonne santé. Fermenté ne signifie pas automatiquement vivant (attention aux pots pasteurisés), fermenté n’est pas synonyme de probiotique, et les personnes souffrant d’intolérance à l’histamine constituent l’exception importante à cet enthousiasme. Pour tous les autres : commencez par une portion quotidienne, privilégiez la variété, associez-la aux fibres et, si vous voulez la preuve que cela fonctionne, mesurez avant et après.

Cet article est fourni à titre informatif uniquement et ne constitue pas un avis médical. Si vous souffrez d’une intolérance à l’histamine, si vous êtes immunodéprimé ou si vous êtes traité pour une affection gastro-intestinale, consultez d’abord votre médecin au sujet des aliments fermentés. Une analyse du microbiote ne permet pas de diagnostiquer ni de traiter une quelconque affection.

Références scientifiques

1. Marco ML, Sanders ME, Gänzle M, et al. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on fermented foods. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. 2021;18(3):196-208. DOI: 10.1038/s41575-020-00390-5
2. Hill C, Guarner F, Reid G, et al. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. 2014;11(8):506-514. DOI: 10.1038/nrgastro.2014.66
3. Wastyk HC, Fragiadakis GK, Perelman D, et al. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell. 2021;184(16):4137-4153.e14. DOI: 10.1016/j.cell.2021.06.019
4. McDonald D, Hyde E, Debelius JW, et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018;3(3):e00031-18. DOI: 10.1128/mSystems.00031-18
5. Maintz L, Novak N. Histamine and histamine intolerance. American Journal of Clinical Nutrition. 2007;85(5):1185-196. DOI: 10.1093/ajcn/85.5.1185