El método determina hasta qué profundidad puedes analizar tu microbioma.
Si quieres analizar tu microbioma, no solo importa la muestra, sino también el método utilizado para examinarla. El análisis 16S ofrece principalmente una visión general de los grupos bacterianos. La secuenciación shotgun analiza todo el ADN microbiano, incluidas bacterias, hongos, virus, genes de resistencia y potencial funcional¹.
La secuenciación 16S es un método consolidado para analizar las comunidades bacterianas. No examina todo el ADN de una muestra, sino que se centra en una sección específica del gen del ARNr 16S bacteriano².
Este gen se encuentra en las bacterias y contiene regiones que difieren entre los distintos grupos bacterianos. Esto permite estimar qué grupos bacterianos están presentes en una muestra.
La secuenciación 16S se utiliza desde hace muchos años en la investigación del microbioma y ha contribuido de forma importante a nuestra comprensión de los ecosistemas bacterianos. Puede seguir siendo útil, sobre todo para estudios a gran escala, primeras aproximaciones o proyectos con un presupuesto ajustado.
Su gran ventaja reside en su sencillez: el método es relativamente económico, está bien consolidado y proporciona una visión general amplia de las composiciones bacterianas. Al mismo tiempo, presenta limitaciones claras, sobre todo en cuanto a la alta resolución taxonómica, los hongos, los virus o la información funcional.
La secuenciación shotgun es una forma moderna de secuenciación metagenómica. A diferencia de la secuenciación 16S, no examina únicamente una región marcadora bacteriana, sino todo el ADN presente en una muestra³.
Esto permite obtener una visión mucho más completa del microbioma. Además de las bacterias, también se pueden analizar otros grupos microbianos, como hongos, virus, bacteriófagos y arqueas. También se puede examinar el potencial genético funcional, por ejemplo, las vías metabólicas o los genes de resistencia.
Este método genera un mayor volumen de datos y es técnicamente más exigente, pero proporciona información mucho más profunda sobre la composición y la función microbianas.
La diferencia principal entre 16S y shotgun radica en la cantidad de información genética que se analiza.
La secuenciación 16S se centra específicamente en una región marcadora bacteriana. Esto proporciona una visión general útil pero limitada de los grupos bacterianos. La secuenciación shotgun, por otro lado, analiza todo el ADN microbiano de una muestra y, por lo tanto, puede crear una imagen mucho más detallada del microbioma⁴.
Esto es especialmente importante cuando el objetivo no es solo responder a la pregunta «¿Qué bacterias están presentes?», sino también:
Para un análisis moderno del microbioma, esta diferencia es decisiva.
Muchas bacterias pertenecen al mismo género, pero pueden tener propiedades muy diferentes. Precisamente aquí cobra importancia la resolución del método.
Un ejemplo sencillo: si un análisis solo identifica un género bacteriano, no sabes necesariamente qué especie concreta hay detrás. Distintas especies del mismo género pueden tener vías metabólicas diferentes, desempeñar funciones ecológicas distintas o interactuar de forma diferente con otros microorganismos.
La secuenciación shotgun a menudo permite una clasificación taxonómica más precisa que los métodos 16S clásicos⁵. Así, el microbioma no aparece solo como un panorama aproximado, sino como un ecosistema más complejo con muchos actores individuales.
Esto es especialmente relevante cuando quieres comprender la diversidad microbiana, las relaciones funcionales o cambios más sutiles en el microbioma intestinal.
Una diferencia importante entre 16S y shotgun es la visión más allá de las bacterias.
La secuenciación 16S se centra principalmente en las bacterias. Esto tiene sentido científico cuando esta es precisamente la pregunta central. Sin embargo, el microbioma intestinal no se compone únicamente de bacterias. Los hongos, los virus, los bacteriófagos y las arqueas también forman parte del ecosistema microbiano intestinal⁶.
La secuenciación shotgun puede abarcar este mundo microbiano más amplio con mayor eficacia. Así se obtiene una imagen más completa del microbioma intestinal: no solo como una lista de bacterias, sino como una red compleja de diferentes microorganismos.
En la investigación moderna del microbioma en particular, estas interacciones son cada vez más importantes. Esto se debe a que la estabilidad, la diversidad y la función del microbioma no surgen únicamente de bacterias individuales, sino de la interacción de muchos grupos microbianos.
Un análisis moderno del microbioma no solo debe mostrar qué microorganismos están presentes. También debe ayudarte a comprender qué potencial funcional tiene este ecosistema microbiano.
Aquí reside una de las mayores ventajas de la secuenciación shotgun. Dado que se analizan muchos segmentos de ADN de todo el microbioma, también se pueden examinar bioinformáticamente los genes funcionales y las vías metabólicas⁷.
Por ejemplo, el potencial microbiano para:
Esta información es científicamente valiosa porque no solo describe el microbioma, sino que lo sitúa en un contexto funcional. No obstante, conviene recordar que estos análisis sirven para interpretar patrones microbianos con fines científicos e informativos y no sustituyen a un diagnóstico médico.
En Bactera apostamos por la secuenciación shotgun moderna para Microbiome 360°, porque queremos analizar el microbioma intestinal de la manera más exhaustiva y con la mayor profundidad científica posible.
Nuestro objetivo no es solo ofrecer una simple visión general de los grupos bacterianos. Queremos ofrecerte una imagen detallada de tu microbioma, con información sobre la diversidad microbiana, la composición bacteriana, los hongos, los virus, los genes de resistencia y el potencial funcional.
Por eso, la metagenómica shotgun encaja mejor con nuestros estándares científicos: de alta resolución, basada en datos y orientada al futuro.
Si quieres analizar tu flora intestinal en casa, Microbiome 360° te permite realizar un análisis moderno del microbioma con una interpretación biológica más profunda que la de los métodos clásicos.
Aunque la secuenciación shotgun puede proporcionar significativamente más información, eso no significa que la secuenciación 16S sea «mala». El método está consolidado, es relativamente económico y es perfectamente adecuado para responder a determinadas preguntas científicas. El factor decisivo es qué pregunta se pretende responder.
La secuenciación 16S sigue siendo un método importante en la investigación del microbioma, por ejemplo para:
Para un análisis del microbioma más profundo, amplio y funcional, la secuenciación shotgun ofrece claras ventajas:
Por eso Microbiome 360° se basa en la secuenciación shotgun.
La secuenciación 16S se centra en una región marcadora bacteriana específica. La secuenciación shotgun examina todo el ADN microbiano presente en una muestra.
Porque no analiza un solo segmento de ADN, sino muchos fragmentos de ADN de todo el microbioma.
No, la secuenciación 16S se dirige principalmente a las bacterias. No abarca de forma exhaustiva los hongos, los virus ni los bacteriófagos.
En muchos casos, la secuenciación shotgun ofrece una mayor resolución taxonómica y puede analizar con mayor frecuencia hasta el nivel de especie.
Porque hay que generar considerablemente más datos de ADN y procesarlos bioinformáticamente. El análisis es más exigente desde el punto de vista técnico y computacional.
Significa que los microorganismos pueden clasificarse no solo de forma aproximada a nivel de grupo o género, sino hasta la especie concreta.
Con la secuenciación shotgun, se pueden examinar ciertos genes de resistencia a nivel de ADN. La secuenciación 16S no sirve para ello.
Dependiendo del método, se pueden hacer visibles la diversidad bacteriana, la composición microbiana, los hongos, los virus, los genes de resistencia y el potencial funcional.
Bactera utiliza la moderna secuenciación shotgun para Microbiome 360°.
No. El análisis sirve para interpretar patrones microbianos con fines científicos e informativos y no sustituye a un diagnóstico médico.
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