Comment comparer les tests du microbiome : les 7 critères qui comptent vraiment

En Allemagne, les tests du microbiote intestinal varient d’environ 40 € à plus de 300 €, et de l’extérieur, leurs sites web se ressemblent beaucoup : un tube, un laboratoire, un rapport coloré. En réalité, les différences sont considérables : ce qui est mesuré, la précision des mesures et ce que vous pouvez réellement faire des résultats.

Pour être tout à fait transparent avant de commencer : nous vendons l’un de ces tests. Nous sommes donc partiaux, c’est précisément pourquoi cet article n’est pas un classement de prestataires nommés, mais quelque chose de plus durable : les sept critères qui séparent objectivement les analyses approfondies des analyses superficielles, ainsi qu’une liste de contrôle que vous pouvez appliquer à n’importe quel prestataire. Y compris à nous : notre rapport de démonstration complet est public (www.my.bactera.de/demo), vous pouvez donc vérifier vous-même chacune de nos affirmations.

Tout d’abord, la vérité : ce qu’aucun autotest ne peut faire

Les associations de consommateurs ont maintes fois critiqué les autotests du microbiote, et là où des tests promettent des diagnostics médicaux ou prétendent vous dire « exactement quoi manger », cette critique est justifiée. Fixons donc clairement les limites : aucun autotest des selles ne diagnostique une maladie, et aucun ne remplace une consultation médicale. La science du microbiote est encore jeune ; les prestataires sérieux le disent.

Ce qu’une bonne analyse peut faire : montrer l’état de votre écosystème intestinal (quels microbes y vivent, quelle est la diversité de la communauté, quelles sont ses capacités fonctionnelles) et vous fournir une valeur de référence mesurable que vous pouvez suivre au fil du temps. C’est véritablement utile. C’est également la norme à laquelle chaque critère ci-dessous est mesuré. Si un prestataire promet davantage, passez votre chemin, quel que soit le prix.

Critère 1 : La technologie de séquençage

C’est la principale différence de qualité, et la plupart des pages de produits la dissimulent. Il existe trois niveaux :

Les panels ciblés (qPCR ou culture) ne recherchent qu’une sélection prédéfinie de microbes. Peu coûteux, mais aveugles à tout ce qui ne figure pas sur la liste.

Le séquençage de l’ARNr 16S lit un seul gène « code-barres » bactérien. Il est économique et largement répandu (de nombreux tests grand public l’utilisent), mais il présente des limites structurelles : il ne détecte que les bactéries (pas les champignons, les virus ou les parasites), et les courtes régions géniques généralement séquencées ne permettent pas de distinguer de manière fiable les espèces : la résolution s’arrête généralement au niveau du genre [2].

Le métagénomique shotgun séquence tout l’ADN de l’échantillon. Les comparaisons directes montrent que le 16S ne détecte qu’une partie de la communauté révélée par le séquençage shotgun, et que ce dernier est nettement plus performant pour trouver les organismes les moins abondants [1]. Il permet d’atteindre le niveau de l’espèce (et souvent de la souche), couvre les organismes non bactériens et lit les gènes fonctionnels, c’est pourquoi il est la méthode utilisée dans les études cliniques majeures sur le microbiote [3,4]. Nous avons expliqué en détail les différences techniques dans notre guide 16S vs shotgun.

Critère 2 : Résolution : genre ou espèce ?

Pourquoi le niveau de l’espèce est-il important ? Parce qu’au sein d’un même genre, les espèces peuvent jouer des rôles opposés. Escherichia comprend des compagnons inoffensifs présents toute la vie et de graves pathogènes. Et dans une grande étude sur l’EM/CFS, c’est l’abondance d’une espèce spécifique, Faecalibacterium prausnitzii, qui évoluait avec la gravité des symptômes [4]. Un rapport au niveau du genre masque ces signaux en les moyennant. Demandez directement à chaque prestataire : « Présentez-vous les résultats au niveau de l’espèce, et avec quelle méthode ? » Si la réponse est le 16S à lectures courtes, les affirmations au niveau de l’espèce méritent d’être accueillies avec scepticisme [2].

Critère 3 : Que couvre-t-on au-delà des bactéries ?

Votre intestin héberge plus que des bactéries : des levures et des champignons (comme Candida ou Malassezia), des virus et des bactériophages, des archées (y compris les producteurs de méthane impliqués dans les ballonnements et la constipation), parfois des parasites comme Giardia intestinalis, plus une couche que la plupart des tests ignorent complètement : les gènes de résistance aux antibiotiques, dont les chercheurs ont suivi la dynamique dans la célèbre étude sur la récupération après la prise d’antibiotiques [3]. Un test basé sur le 16S ne peut voir aucun de ces éléments par conception. Si les champignons, les pathogènes ou votre résistome comptent pour vous, la méthode doit être le shotgun, sinon vous payez pour un instantané uniquement bactérien.

Critère 4 : Composition ou fonction ?

Savoir qui vit dans votre intestin est la première étape. La question cliniquement plus intéressante est ce que votre communauté peut faire : quelle est sa capacité à produire du butyrate et d’autres acides gras à chaîne courte ? Quel est son potentiel de formation de gaz ? L’étude sur l’EM/CFS ci-dessus en est une bonne illustration. Sa principale découverte n’était pas une liste d’espèces, mais un déficit fonctionnel : une capacité microbienne mesurablement réduite à synthétiser du butyrate [4]. Demandez aux prestataires si leur rapport comprend une analyse fonctionnelle ou uniquement une analyse taxonomique.

Critère 5 : Profondeur et transparence du rapport

Un bon rapport traduit les données en informations compréhensibles et hiérarchisées et vous donne toujours accès aux détails sous-jacents : la liste complète des espèces, les valeurs réelles. Le test de transparence le plus rapide pour n’importe quel prestataire : vous montre-t-il un rapport de démonstration complet avant que vous n’achetiez ? Pas des captures d’écran marketing, mais le vrai rapport. Si un prestataire refuse de vous montrer ce que vous allez réellement recevoir, cela en dit long. (Le nôtre est ici, dans son intégralité : www.my.bactera.de/demo)

Critère 6 : Laboratoire, localisation et protection des données

Un échantillon de selles est une donnée intime. Demandez : où l’échantillon est-il analysé, en Allemagne/dans l’UE ou expédié à l’étranger ? Le prestataire travaille-t-il conformément au RGPD ? Qu’advient-il de votre échantillon et de vos données de séquençage après l’analyse, et pouvez-vous demander la suppression des deux ? Les prestataires sérieux répondent à ces questions par écrit sur leur site.

Critère 7 : Prix par rapport à la portée

Les tests simples uniquement bactériens se situent généralement dans la fourchette de prix inférieure, les analyses shotgun multi-domaines approfondies coûtent plus cher. Ce n’est pas un scandale, c’est l’économie du séquençage. Le conseil honnête : ne payez que pour la portée dont vous allez vous servir. Si vous voulez un instantané bactérien approximatif par curiosité, un test basique peut suffire. Si vous enquêtez sur des symptômes persistants, souhaitez que les champignons, les pathogènes, les gènes de résistance et la capacité fonctionnelle soient couverts, ou prévoyez un suivi avant/après un changement alimentaire, la méthode plus approfondie est ce pour quoi vous payez réellement.

La liste de contrôle : 7 questions à poser à n’importe quel prestataire

• Quelle méthode de séquençage : panel ciblé, 16S ou métagénomique shotgun ?
• L’analyse est-elle résolue au niveau de l’espèce, et la méthode permet-elle de soutenir cette affirmation ?
• Les champignons, les virus, les archées et les parasites sont-ils couverts, ou seulement les bactéries ?
• Les gènes de résistance aux antibiotiques sont-ils inclus ?
• Y a-t-il une analyse fonctionnelle (ex : capacité en butyrate/acides gras à chaîne courte, formation de gaz), ou uniquement une analyse taxonomique ?
• Un rapport de démonstration complet est-il consultable publiquement avant l’achat ?
• Où l’échantillon est-il analysé, qu’advient-il de l’échantillon et des données par la suite, et tout est-il conforme au RGPD ?

Où Bactera se situe par rapport à ces critères

Mesurée par rapport à cette liste, en toute transparence : notre analyse Microbiome 360° utilise la métagénomique shotgun avec une résolution au niveau de l’espèce ; elle couvre les bactéries, les champignons (y compris Candida et Malassezia), les virus et les phages, les archées et les parasites tels que Giardia ; elle dépiste les gènes de résistance aux antibiotiques ; elle inclut une analyse fonctionnelle telle que le potentiel en acides gras à chaîne courte et en formation de gaz ; le rapport de démonstration complet est public (www.my.bactera.de/demo) ; et les échantillons sont analysés en Allemagne conformément au RGPD. Vous pouvez voir les forfaits ici, et nous vous encourageons sincèrement à appliquer les mêmes sept questions à tous les autres prestataires que vous envisagez. C’est une comparaison dont nous sommes heureux de faire partie.

En résumé

Les tests du microbiote diffèrent moins par leur marketing que par leur méthode. La technologie détermine ce qui peut être vu du tout ; la résolution au niveau de l’espèce et l’analyse fonctionnelle déterminent si les résultats sont liés à la recherche réelle ; et la transparence (un rapport de démonstration public, des politiques de données claires) détermine si vous pouvez faire confiance à ce que vous achetez. Sept questions séparent une analyse approfondie d’un instantané bactérien coûteux. Posez les sept questions, à chaque fois, peu importe le test qui finit dans votre panier.

Cet article est à titre informatif uniquement et ne constitue pas un avis médical. Les autotests du microbiote (le nôtre inclus) ne diagnostiquent pas les maladies et ne remplacent pas les soins médicaux. Les symptômes persistants doivent d’abord être examinés par un médecin.

Références scientifiques

1. Durazzi F, Sala C, Castellani G, Manfreda G, Remondini D, De Cesare A. Comparison between 16S rRNA and shotgun sequencing data for the taxonomic characterization of the gut microbiota. Scientific Reports. 2021;11(1):3030. DOI: 10.1038/s41598-021-82726-y
2. Johnson JS, Spakowicz DJ, Hong BY, et al. Evaluation of 16S rRNA gene sequencing for species and strain-level microbiome analysis. Nature Communications. 2019;10:5029. DOI: 10.1038/s41467-019-13036-1
3. Palleja A, Mikkelsen KH, Forslund SK, et al. Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure. Nature Microbiology. 2018;3(11):1255-1265. DOI: 10.1038/s41564-018-0257-9
4. Guo C, Che X, Briese T, et al. Deficient butyrate-producing capacity in the gut microbiome is associated with bacterial network disturbances and fatigue symptoms in ME/CFS. Cell Host & Microbe. 2023;31(2):288-304.e8. DOI: 10.1016/j.chom.2023.01.004