Pourquoi nous avons lancé Bactera : pourquoi la plupart des tests du microbiome ne voient toujours pas la vue d’ensemble

Le microbiome intestinal humain est devenu l’un des sujets les plus débattus dans le domaine de la santé moderne. Chaque année, des milliers de nouvelles études explorent la manière dont les billions de micro-organismes vivant dans l’intestin peuvent interagir avec la nutrition, le métabolisme, l’immunité, le mode de vie et l’écosystème humain dans son ensemble.

Parallèlement, les tests du microbiome sont de plus en plus accessibles. Plus que jamais, de nombreuses personnes s’intéressent à la compréhension de leur microbiome intestinal, souvent au moyen de simples tests à domicile promettant des informations personnalisées sur la composition bactérienne et la santé intestinale.

Mais, aussi fascinant que soit ce domaine, nous pensons qu’il existe un problème important qui est rarement abordé ouvertement :

De nombreuses analyses du microbiome ne capturent encore qu’une infime fraction de l’écosystème microbien.

Et cette prise de conscience a été l’une des raisons pour lesquelles Bactera a été créée.

Le problème de l’observation du microbiome par le trou de la serrure

Le microbiome intestinal est incroyablement complexe. Il contient non seulement des bactéries, mais aussi des virus, des bactériophages, des champignons, des archées et des millions de gènes microbiens qui interagissent au sein d’un écosystème en constante évolution¹.

Pourtant, de nombreux tests traditionnels du microbiome reposent encore sur des méthodes analytiques relativement étroites qui se concentrent principalement sur des régions marqueurs bactériennes sélectionnées. Bien que ces méthodes aient joué un rôle important dans la recherche sur le microbiome, elles ne fournissent souvent qu’un aperçu limité du monde microbien dans son ensemble.

Pour nous, cela revenait un peu à essayer de comprendre une forêt tropicale entière en observant quelques feuilles.

Vous pouvez voir une partie de l’image, mais vous passez à côté de la complexité de l’écosystème lui-même.

Et dans la science du microbiome, l’écosystème compte.

Pourquoi nous avons choisi la métagénomique shotgun

Dès le début, nous voulions que Bactera se concentre sur une analyse moderne du microbiome, fondée sur la recherche.

C’est pourquoi nous avons choisi le séquençage métagénomique shotgun comme fondement de notre plateforme.

Contrairement aux approches ciblées traditionnelles, le séquençage shotgun analyse l’ensemble de l’ADN microbien présent dans un échantillon². Au lieu de se concentrer uniquement sur des régions bactériennes sélectionnées, il permet d’obtenir une vision plus large et plus détaillée de l’écosystème du microbiome.

Cela signifie que l’analyse peut potentiellement inclure :

• la diversité bactérienne
• une résolution au niveau de l’espèce
• les champignons et les levures
• les virus et les bactériophages
• le potentiel fonctionnel microbien
• les gènes associés à la résistance

Pour nous, il ne s’agissait pas simplement d’une amélioration technologique.

Cela représentait une philosophie différente : considérer le microbiome comme un écosystème biologique complexe plutôt que comme une simple liste de bactéries.

L’avenir de la science du microbiome réside dans les écosystèmes

L’une des évolutions les plus passionnantes de la recherche sur le microbiome est la prise de conscience croissante que les micro-organismes n’existent pas de manière isolée.

Les bactéries interagissent entre elles.
Les virus influencent les populations bactériennes.
L’alimentation façonne les communautés microbiennes.
Le stress, le sommeil, les antibiotiques et le mode de vie modifient continuellement l’écosystème.

Le microbiome se comporte moins comme un catalogue bactérien statique que comme un réseau vivant et dynamique³.

C’est aussi pourquoi nous pensons que la science du microbiome de demain s’éloignera de plus en plus des simples résumés bactériens pour s’orienter vers :

• l’analyse au niveau de l’écosystème
• l’interprétation fonctionnelle
• les interactions microbiennes
• les approches de biologie des systèmes

Les technologies de séquençage modernes rendent enfin ces types d’informations plus accessibles que jamais.

Nous pensons que les tests du microbiome doivent éduquer, et non simplifier à l’excès

Une autre raison pour laquelle nous avons créé Bactera était notre frustration face à la manière dont la communication sur le microbiome est souvent simplifiée à l’excès.

Le microbiome est encore un domaine scientifique jeune. De nombreuses relations entre les micro-organismes et la santé humaine font encore l’objet de recherches actives. Pourtant, les consommateurs se voient parfois présenter des conclusions extrêmement définitives à partir de données relativement limitées.

Nous pensons qu’une approche plus honnête et scientifiquement responsable est nécessaire.

Cela signifie :

• privilégier la transparence
• séparer clairement la science de la spéculation
• éviter les promesses exagérées
• présenter les informations sur le microbiome de manière pédagogique et compréhensible

Notre objectif n’est pas de réduire le microbiome à un récit simpliste opposant « bonnes bactéries » et « mauvaises bactéries ».

Au contraire, nous voulons aider les gens à mieux comprendre la complexité du monde microbien qui vit en eux.

Au-delà des tests : bâtir une plateforme de recherche sur le microbiome

Pour nous, l’analyse du microbiome n’est qu’une partie d’une vision beaucoup plus vaste.

Bactera a été fondée non seulement comme entreprise de tests du microbiome, mais aussi comme plateforme de recherche à long terme sur le microbiome, axée sur une compréhension plus approfondie des écosystèmes microbiens.

Nos centres d’intérêt plus larges comprennent :

• le séquençage du microbiome intestinal
• la recherche sur les bactériophages
• la restauration des écosystèmes microbiens
• l’analyse fonctionnelle du microbiome
• les futures approches thérapeutiques basées sur le microbiome

Nous pensons que la prochaine génération de la science du microbiome naîtra de l’intégration du séquençage, de la bioinformatique, de l’écologie et de la biologie des systèmes, et non de simples listes bactériennes isolées.

Pourquoi cela compte

Le microbiome humain contient des millions de gènes microbiens, soit une quantité d’informations génétiques bien supérieure à celle du génome humain lui-même⁴.

Nous commençons à peine à comprendre ce que cela signifie.

La science moderne du microbiome comporte encore de nombreuses questions sans réponse. Mais une chose est déjà claire :

L’avenir de l’analyse du microbiome sera probablement de plus en plus haute résolution, axé sur les écosystèmes et fondé sur les données.

C’est cet avenir qui nous a inspirés de créer Bactera.

Non pas parce que nous pensons que la science du microbiome détient déjà toutes les réponses, mais parce que nous pensons n’en être qu’au début de la découverte de la véritable complexité du monde microbien.

Vous souhaitez voir à quoi ressemble cette profondeur en pratique ? Découvrez comment fonctionne l’analyse de votre flore intestinale.

Références scientifiques

1. Huttenhower C et al. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012.
2. Quince C et al. Shotgun metagenomics, from sampling to analysis. Nat Biotechnol. 2017.
3. Lloyd-Price J et al. Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases. Nature. 2019.
4. Qin J et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010.