Il metodo determina quanto a fondo puoi analizzare il tuo microbioma.
Se desideri analizzare il tuo microbioma, non conta solo il campione, ma anche il metodo utilizzato per esaminarlo. Il sequenziamento 16S fornisce principalmente una panoramica dei gruppi batterici. Il sequenziamento shotgun analizza l'intero DNA microbico, inclusi batteri, funghi, virus, geni di resistenza e potenziale funzionale¹.
Il sequenziamento 16S è un metodo consolidato per analizzare le comunità batteriche. Non esamina l’intero DNA di un campione, ma si concentra su una sezione specifica del gene 16S rRNA batterico².
Questo gene è presente nei batteri e contiene regioni che variano tra i diversi gruppi batterici. Ciò consente di stimare quali gruppi batterici sono presenti in un campione.
Il sequenziamento 16S viene utilizzato nella ricerca sul microbioma da molti anni e ha fornito importanti contributi alla nostra comprensione degli ecosistemi batterici. Può ancora essere utile, in particolare per studi su larga scala, panoramiche preliminari o progetti con vincoli di budget.
Il suo grande vantaggio risiede nella sua semplicità: il metodo è relativamente economico, ben consolidato e fornisce una panoramica generale della composizione batterica. Allo stesso tempo, presenta chiari limiti, in particolare per quanto riguarda l’elevata risoluzione tassonomica, i funghi, i virus o le informazioni funzionali.
Il sequenziamento shotgun è una forma moderna di sequenziamento metagenomico. A differenza del 16S, non esamina solo una singola regione marcatrice batterica, ma tutto il DNA presente in un campione³.
Ciò crea un quadro molto più completo del microbioma. Oltre ai batteri, possono essere analizzati anche altri gruppi microbici come funghi, virus, batteriofagi e archei. È possibile esaminare anche il potenziale genetico funzionale, ad esempio le vie metaboliche o i geni di resistenza.
Questo metodo richiede più dati ed è tecnicamente più impegnativo, ma fornisce informazioni molto più approfondite sulla composizione e sulla funzione microbica.
La differenza principale tra il sequenziamento 16S e quello shotgun risiede nella quantità di informazioni genetiche analizzate.
Il sequenziamento 16S esamina specificamente una singola regione marcatrice batterica. Ciò fornisce una panoramica utile ma limitata dei gruppi batterici. Il sequenziamento shotgun, invece, analizza l'intero DNA microbico di un campione e può quindi creare un quadro molto più dettagliato del microbioma⁴.
Questo è particolarmente importante quando l'obiettivo non è solo rispondere alla domanda “Quali batteri sono presenti?”, ma anche:
Per un'analisi moderna del microbioma, questa differenza è decisiva.
Molti batteri appartengono allo stesso genere, ma possono avere proprietà molto diverse. È proprio qui che diventa importante la risoluzione del metodo.
Un esempio semplice: se un'analisi identifica solo un genere batterico, non sai necessariamente quale specie si nasconda dietro. Specie diverse all'interno dello stesso genere possono avere vie metaboliche differenti, assumere ruoli ecologici diversi o interagire in modo differente con altri microrganismi.
Il sequenziamento shotgun può spesso consentire una classificazione tassonomica più precisa rispetto ai metodi classici basati sul 16S⁵. Di conseguenza, il microbioma diventa visibile non solo come una panoramica approssimativa, ma come un ecosistema più complesso con molti attori individuali.
Questo è particolarmente rilevante quando vuoi comprendere la diversità microbica, le relazioni funzionali o cambiamenti più sottili nel microbioma intestinale.
Una differenza importante tra il 16S e lo shotgun è lo sguardo oltre i batteri.
Il sequenziamento 16S si concentra principalmente sui batteri. Dal punto di vista scientifico ha senso quando è proprio questa la domanda centrale. Tuttavia, il microbioma intestinale non è costituito solo da batteri. Anche funghi, virus, batteriofagi e archei fanno parte dell'ecosistema microbico dell'intestino⁶.
Il sequenziamento shotgun può catturare in modo più efficace questo mondo microbico più ampio. Ciò crea un quadro più completo del microbioma intestinale: non solo un elenco di batteri, ma una complessa rete di diversi microrganismi.
Proprio nella moderna ricerca sul microbioma queste interazioni stanno diventando sempre più importanti, perché la stabilità, la diversità e la funzione del microbioma non derivano solo da singoli batteri, ma dall'interazione di molti gruppi microbici.
Un'analisi moderna del microbioma non dovrebbe solo mostrare quali microrganismi sono presenti. Dovrebbe anche aiutarti a capire quale potenziale funzionale ha questo ecosistema microbico.
È qui che risiede uno dei maggiori vantaggi del sequenziamento shotgun. Poiché vengono analizzati molti segmenti di DNA dell'intero microbioma, anche i geni funzionali e le vie metaboliche possono essere esaminati con metodi bioinformatici⁷.
Tra questi, ad esempio, il potenziale microbico per:
Queste informazioni sono scientificamente preziose perché non si limitano a descrivere il microbioma, ma lo classificano dal punto di vista funzionale. Resta importante sottolineare che tali analisi servono all'interpretazione scientifica e informativa dei pattern microbici e non sostituiscono una diagnosi medica.
Da Bactera, per Microbiome 360° ci affidiamo al moderno sequenziamento shotgun, perché vogliamo analizzare il microbioma intestinale nel modo più completo e scientificamente approfondito possibile.
Il nostro obiettivo non è una semplice panoramica dei gruppi batterici. Vogliamo fornirti un quadro differenziato del tuo microbioma, con informazioni sulla diversità microbica, sulla composizione batterica, sui funghi, sui virus, sui geni di resistenza e sul potenziale funzionale.
La metagenomica shotgun si adatta quindi meglio ai nostri standard scientifici: ad alta risoluzione, basata sui dati e orientata al futuro.
Se desideri analizzare la tua flora intestinale a casa, Microbiome 360° ti consente di effettuare un'analisi moderna del microbioma, con una classificazione biologica più approfondita rispetto ai metodi classici.
Sebbene il sequenziamento shotgun possa fornire molte più informazioni, ciò non significa che il sequenziamento 16S sia “scadente”. Il metodo è consolidato, relativamente economico e assolutamente adatto a determinate domande scientifiche. Il fattore decisivo è a quale domanda si vuole rispondere.
Il 16S rimane un metodo importante nella ricerca sul microbioma, ad esempio per:
Per un'analisi del microbioma più approfondita, ampia e funzionale, il sequenziamento shotgun offre chiari vantaggi:
Ecco perché Microbiome 360° si affida al sequenziamento shotgun.
Il sequenziamento 16S si concentra su una specifica regione marcatrice batterica. Il sequenziamento shotgun esamina tutto il DNA microbico presente in un campione.
Perché non analizza un solo segmento di DNA, ma molti frammenti di DNA dell'intero microbioma.
No, il 16S è rivolto principalmente ai batteri. Funghi, virus e batteriofagi non vengono rilevati in modo completo.
In molti casi, il sequenziamento shotgun offre una risoluzione tassonomica più elevata e consente più frequentemente analisi fino a livello di specie.
Perché è necessario generare ed elaborare con metodi bioinformatici una quantità notevolmente maggiore di dati sul DNA. L'analisi è più impegnativa dal punto di vista tecnico e computazionale.
Ciò significa che i microrganismi possono essere classificati non solo approssimativamente a livello di gruppo o di genere, ma fino alla singola specie.
Con il sequenziamento shotgun, determinati geni di resistenza possono essere esaminati a livello del DNA. Il 16S non è adatto a questo scopo.
A seconda del metodo, è possibile rendere visibili la diversità batterica, la composizione microbica, i funghi, i virus, i geni di resistenza e il potenziale funzionale.
Bactera utilizza il moderno sequenziamento shotgun per Microbiome 360°.
No. L'analisi serve all'interpretazione scientifica e informativa dei pattern microbici e non sostituisce una diagnosi medica.
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