Sekwencjonowanie 16S czy shotgun: jaka jest różnica?

Sekwencjonowanie 16S to sprawdzona metoda analizy zbiorowisk bakterii. Nie obejmuje ona całego DNA próbki, lecz skupia się na konkretnym fragmencie genu 16S rRNA bakterii².

Gen ten występuje u bakterii i zawiera regiony, które różnią się w zależności od grupy bakterii. Dzięki temu można oszacować, jakie grupy bakterii znajdują się w próbce.

Sekwencjonowanie 16S jest stosowane w badaniach nad mikrobiomem od wielu lat i w istotny sposób przyczyniło się do pogłębienia naszej wiedzy o ekosystemach bakteryjnych. Nadal może być użyteczne, zwłaszcza w przypadku dużych badań, wstępnych przeglądów lub projektów, w których należy ograniczyć koszty.

Jego główną zaletą jest prostota: metoda jest stosunkowo niedroga, dobrze ugruntowana i zapewnia szeroki przegląd składu bakterii. Jednocześnie ma wyraźne ograniczenia, zwłaszcza w zakresie wysokiej rozdzielczości taksonomicznej, wykrywania grzybów i wirusów oraz dostarczania informacji funkcjonalnych.

Ważną różnicą między sekwencjonowaniem 16S a sekwencjonowaniem shotgun jest spojrzenie poza bakterie.

Sekwencjonowanie 16S skupia się przede wszystkim na bakteriach. Ma to sens naukowy, gdy pytanie badawcze dotyczy właśnie bakterii. Jednak mikrobiom jelitowy nie składa się wyłącznie z bakterii. Grzyby, wirusy, bakteriofagi i archeony również stanowią część mikrobiologicznego ekosystemu jelit⁶.

Sekwencjonowanie shotgun może skuteczniej uchwycić ten szerszy świat mikroorganizmów. Pozwala to na stworzenie bardziej kompleksowego obrazu mikrobiomu jelitowego: nie tylko jako listy bakterii, ale jako złożonej sieci różnych mikroorganizmów.

W nowoczesnych badaniach nad mikrobiomem te interakcje zyskują szczególnie na znaczeniu. Stabilność, różnorodność i funkcja mikrobiomu nie wynikają bowiem wyłącznie z pojedynczych bakterii, lecz ze wzajemnego oddziaływania wielu grup mikroorganizmów.

W Bactera wykorzystujemy nowoczesne sekwencjonowanie shotgun w badaniu Microbiome 360°, ponieważ chcemy analizować mikrobiom jelitowy tak kompleksowo i dogłębnie z naukowego punktu widzenia, jak to tylko możliwe.

Naszym celem nie jest jedynie przedstawienie ogólnego zestawienia grup bakterii. Chcemy dostarczyć Ci szczegółowy obraz Twojego mikrobiomu, zawierający informacje o różnorodności mikrobiologicznej, składzie bakterii, grzybach, wirusach, genach oporności i potencjale funkcjonalnym.

Metagenomika shotgun lepiej odpowiada zatem naszym standardom naukowym: jest precyzyjna, oparta na danych i zorientowana na przyszłość.

Jeśli chcesz przeanalizować swoją florę jelitową w domu, Microbiome 360° umożliwia przeprowadzenie nowoczesnej analizy mikrobiomu z bardziej szczegółową klasyfikacją biologiczną niż metody klasyczne.