Come confrontare i test sul microbioma: i 7 criteri che contano davvero

In Germania, i test sul microbioma intestinale hanno prezzi che vanno da circa 40 € a ben oltre i 300 €, e all'apparenza i siti web dei fornitori sono tutti molto simili: un tubetto, un laboratorio, un report colorato. Sotto la superficie, però, le differenze sono enormi: ciò che viene misurato, con quale precisione e cosa si può effettivamente fare con il risultato.

Prima di iniziare, una premessa necessaria: noi vendiamo uno di questi test. Questo ci rende parziali, ed è proprio per questo che questo articolo non è una classifica dei fornitori, ma qualcosa di più duraturo: i sette criteri che separano oggettivamente le analisi approfondite da quelle superficiali, più una checklist da confrontare con qualsiasi fornitore. Inclusi noi: il nostro report demo completo è pubblico (www.my.bactera.de/demo), così potete verificare personalmente ogni nostra affermazione.

Innanzitutto, la parte onesta: ciò che nessun autotest può fare

I difensori dei consumatori hanno criticato ripetutamente gli autotest sul microbioma e, quando i test promettono diagnosi mediche o affermano di indicarti «esattamente cosa mangiare», queste critiche sono più che fondate. Quindi tracciamo un confine netto: nessun autotest delle feci diagnostica una malattia e nessuno sostituisce una visita medica. La scienza del microbioma è ancora giovane; i fornitori seri lo dichiarano.

Ciò che un'analisi accurata può fare: mostrare lo stato del tuo ecosistema intestinale (quali microbi vi abitano, quanto è diversificata la comunità, quali capacità funzionali svolge) e fornirti un valore di riferimento misurabile che puoi monitorare nel tempo. Questo è davvero utile. È anche il parametro di riferimento rispetto al quale viene misurato ogni criterio riportato di seguito. Se un fornitore promette di più, non scegliere, a prescindere dal prezzo.

Criterio 1: La tecnologia di sequenziamento

Questa è la differenza di qualità più importante e la maggior parte delle pagine prodotto la nasconde. Esistono tre livelli:

I pannelli mirati (qPCR o coltura) cercano solo un elenco predefinito di microbi. Sono economici, ma non rilevano nulla che non sia presente nell'elenco.

Il sequenziamento 16S rRNA legge un singolo gene «barcode» batterico. È conveniente e diffuso (molti test per consumatori lo utilizzano), ma presenta limiti strutturali: rileva solo batteri (non funghi, virus o parassiti) e le brevi regioni geniche solitamente sequenziate non consentono di distinguere in modo affidabile le specie: la risoluzione si ferma solitamente al livello del genere [2].

La metagenomica shotgun sequenzia tutto il DNA presente nel campione. I confronti diretti dimostrano che il 16S rileva solo una parte della comunità che il sequenziamento shotgun mette in luce e che quest'ultimo è notevolmente più efficace nel trovare organismi meno abbondanti [1]. Raggiunge la risoluzione a livello di specie (e spesso di ceppo), copre gli organismi non batterici e legge i geni funzionali, motivo per cui è il metodo alla base degli studi clinici più importanti sul microbioma [3,4]. Abbiamo spiegato nel dettaglio le differenze tecniche nella nostra guida 16S vs shotgun.

Criterio 2: Risoluzione: genere o specie?

Perché è importante la risoluzione a livello di specie? Perché all'interno di un unico genere, le specie possono svolgere ruoli opposti. L'Escherichia comprende sia compagni innocui che presenti per tutta la vita, sia patogeni gravi. E in un ampio studio sull'ME/CFS è stata l'abbondanza di una specifica specie, Faecalibacterium prausnitzii, a correlarsi alla gravità dei sintomi [4]. Un report a livello di genere annulla tali segnali facendone la media. Chiedi direttamente a ogni fornitore: «Fornite dati a livello di specie e con quale metodo?» Se la risposta è «16S a letture brevi», le affermazioni sulla risoluzione a livello di specie meritano scetticismo [2].

Criterio 3: Cosa viene analizzato oltre ai batteri?

Il tuo intestino ospita molto più dei batteri: lieviti e funghi (come Candida o Malassezia), virus e batteriofagi, archei (inclusi i produttori di metano rilevanti per gonfiore e stitichezza), talvolta parassiti come Giardia intestinalis, più un elemento che la maggior parte dei test ignora completamente: i geni della resistenza agli antibiotici, la cui dinamica è stata monitorata dai ricercatori nel famoso studio sul recupero dopo l'uso di antibiotici [3]. Un test basato sul 16S non può rilevare nessuno di questi elementi per sua natura. Se per te sono importanti i funghi, i patogeni o il tuo resistoma, il metodo deve essere lo shotgun, altrimenti stai pagando per un'istantanea che riguarda solo i batteri.

Criterio 4: Composizione o funzione?

Sapere chi vive nel tuo intestino è il primo passo. La domanda clinicamente più interessante è cosa può fare la tua comunità: quanta capacità ha di produrre butirrato e altri acidi grassi a catena corta? Quanto potenziale ha di produrre gas? Lo studio sull'ME/CFS sopra riportato è un buon esempio. La sua scoperta principale non è stata un elenco di specie, ma un deficit funzionale: una capacità microbica misurabilmente ridotta di sintetizzare il butirrato [4]. Chiedi ai fornitori se il loro report include un'analisi funzionale o solo la tassonomia.

Criterio 5: Completezza e trasparenza del report

Un buon report traduce i dati in informazioni comprensibili e prioritarie e ti consente comunque di accedere ai dettagli sottostanti: l'elenco completo delle specie, i valori effettivi. Il test più rapido per verificare la trasparenza di qualsiasi fornitore: ti mostra un report demo completo prima dell'acquisto? Non screenshot di marketing, ma il report vero. Se un fornitore non vuole mostrarti ciò che riceverai effettivamente, è un segnale. (Il nostro è qui, completo: www.my.bactera.de/demo)

Criterio 6: Laboratorio, sede e protezione dei dati

Un campione di feci è un dato intimo. Chiedi: dove viene analizzato il campione, in Germania/nell'UE o viene spedito all'estero? Il fornitore opera nel rispetto del GDPR? Cosa succede al tuo campione e ai dati di sequenziamento dopo l'analisi e puoi richiedere la cancellazione di entrambi? I fornitori seri rispondono a queste domande per iscritto sul proprio sito.

Criterio 7: Prezzo rispetto all'ampiezza dell'analisi

I semplici test che analizzano solo i batteri si collocano generalmente nella fascia di prezzo più bassa; le analisi shotgun approfondite su più domini costano di più. Non è uno scandalo, è la logica economica del sequenziamento. Il consiglio onesto: paga solo per l'ampiezza dell'analisi che utilizzerai. Se vuoi un'istantanea approssimativa dei batteri per curiosità, un test base può bastare. Se stai indagando sintomi persistenti, vuoi che vengano analizzati funghi, patogeni, geni di resistenza e capacità funzionale, oppure prevedi di monitorare prima e dopo un cambiamento alimentare, il metodo più approfondito è ciò per cui stai pagando davvero.

La checklist: 7 domande da porre a qualsiasi fornitore

• Quale metodo di sequenziamento: pannello mirato, 16S o metagenomica shotgun?
• L'analisi raggiunge la risoluzione a livello di specie e il metodo supporta tale affermazione?
• Vengono analizzati funghi, virus, archei e parassiti, o solo i batteri?
• Sono inclusi i geni della resistenza agli antibiotici?
• È prevista un'analisi funzionale (ad esempio della capacità di produrre butirrato/acidi grassi a catena corta e di formare gas), o solo la tassonomia?
• È possibile visualizzare pubblicamente un report demo completo prima dell'acquisto?
• Dove viene analizzato il campione, cosa succede al campione e ai dati in seguito e tutto è conforme al GDPR?

La posizione di Bactera rispetto a questi criteri

Valutata in modo trasparente secondo questa lista: la nostra analisi Microbiome 360° utilizza la metagenomica shotgun con risoluzione a livello di specie; copre batteri, funghi (inclusi Candida e Malassezia), virus e fagi, archei e parassiti come Giardia; analizza i geni della resistenza agli antibiotici; include un'analisi funzionale della capacità di produrre acidi grassi a catena corta e di formare gas; il report demo completo è pubblico (www.my.bactera.de/demo); e i campioni vengono analizzati in Germania nel rispetto del GDPR. Puoi vedere i pacchetti qui, e ti incoraggiamo sinceramente a confrontare gli stessi sette quesiti con ogni altro fornitore che stai considerando. Siamo felici di far parte di questo confronto.

In sintesi

I test sul microbioma differiscono meno nel marketing che nel metodo. La tecnologia determina cosa può essere rilevato; la risoluzione a livello di specie e l'analisi funzionale determinano se i risultati sono in linea con la ricerca scientifica; e la trasparenza (un report demo pubblico, politiche chiare sui dati) determina se puoi fidarti di ciò che stai acquistando. Sette domande separano un'analisi approfondita da un'istantanea costosa dei batteri. Fai tutte e sette le domande, ogni volta, a prescindere dal test che finisce nel tuo carrello.

Questo articolo ha esclusivamente scopo informativo e non costituisce un consiglio medico. Gli autotest sul microbioma (inclusi i nostri) non diagnosticano malattie e non sostituiscono l'assistenza medica. I sintomi persistenti devono essere consultati prima di tutto da un medico.

Riferimenti scientifici

1. Durazzi F, Sala C, Castellani G, Manfreda G, Remondini D, De Cesare A. Comparison between 16S rRNA and shotgun sequencing data for the taxonomic characterization of the gut microbiota. Scientific Reports. 2021;11(1):3030. DOI: 10.1038/s41598-021-82726-y
2. Johnson JS, Spakowicz DJ, Hong BY, et al. Evaluation of 16S rRNA gene sequencing for species and strain-level microbiome analysis. Nature Communications. 2019;10:5029. DOI: 10.1038/s41467-019-13036-1
3. Palleja A, Mikkelsen KH, Forslund SK, et al. Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure. Nature Microbiology. 2018;3(11):1255-1265. DOI: 10.1038/s41564-018-0257-9
4. Guo C, Che X, Briese T, et al. Deficient butyrate-producing capacity in the gut microbiome is associated with bacterial network disturbances and fatigue symptoms in ME/CFS. Cell Host & Microbe. 2023;31(2):288-304.e8. DOI: 10.1016/j.chom.2023.01.004