Por qué empezamos Bactera: Por qué la mayoría de las pruebas del microbioma aún no ofrecen una visión completa

El microbioma intestinal humano se ha convertido en uno de los temas más comentados en la ciencia de la salud moderna. Cada año, miles de nuevos estudios exploran cómo los billones de microorganismos que viven en el intestino pueden interactuar con la nutrición, el metabolismo, la inmunidad, el estilo de vida y el ecosistema humano en general.

Al mismo tiempo, las pruebas del microbioma son cada vez más accesibles. Más personas que nunca están interesadas en comprender su microbioma intestinal, a menudo mediante sencillas pruebas en casa que prometen información personalizada sobre la composición bacteriana y la salud intestinal.

Pero, por muy fascinante que sea este campo, creemos que existe un problema importante que rara vez se discute abiertamente:

Muchos análisis del microbioma aún capturan solo una pequeña fracción del ecosistema microbiano.

Y esa constatación fue una de las razones por las que se creó Bactera.

El problema de observar el microbioma a través de la cerradura

El microbioma intestinal es increíblemente complejo. Contiene no solo bacterias, sino también virus, bacteriófagos, hongos, arqueas y millones de genes microbianos que interactúan dentro de un ecosistema en constante cambio¹.

Sin embargo, muchas pruebas tradicionales del microbioma aún dependen de métodos analíticos relativamente estrechos que se centran principalmente en regiones marcadoras bacterianas seleccionadas. Si bien estos métodos desempeñaron un papel importante en la investigación del microbioma, a menudo proporcionan solo una instantánea limitada del mundo microbiano en general.

Para nosotros, esto era un poco como intentar comprender una selva tropical entera mirando unas pocas hojas.

Puedes ver parte del panorama, pero te pierdes la complejidad del ecosistema en sí.

Y en la ciencia del microbioma, el ecosistema importa.

Por qué elegimos la metagenómica shotgun

Desde el principio, queríamos que Bactera se centrara en un análisis del microbioma moderno y basado en la investigación.

Por eso elegimos la secuenciación metagenómica shotgun como base de nuestra plataforma.

A diferencia de los enfoques tradicionales dirigidos, la secuenciación shotgun analiza el ADN microbiano total dentro de una muestra². En lugar de centrarse solo en regiones bacterianas seleccionadas, permite una visión más amplia y detallada del ecosistema del microbioma.

Esto significa que el análisis puede incluir potencialmente:

• diversidad bacteriana
• resolución a nivel de especie
• hongos y levaduras
• virus y bacteriófagos
• potencial funcional microbiano
• genes asociados a la resistencia

Para nosotros, esto no fue simplemente una mejora tecnológica.

Representaba una filosofía diferente:
ver el microbioma como un ecosistema biológico complejo en lugar de solo una lista de bacterias.

El futuro de la ciencia del microbioma trata sobre los ecosistemas

Uno de los desarrollos más emocionantes en la investigación del microbioma es la creciente comprensión de que los microorganismos no existen de forma aislada.

Las bacterias interactúan entre sí.
Los virus influyen en las poblaciones bacterianas.
La dieta moldea las comunidades microbianas.
El estrés, el sueño, los antibióticos y el estilo de vida alteran continuamente el ecosistema.

El microbioma se comporta menos como un catálogo bacteriano estático y más como una red viva y dinámica³.

Esta es también la razón por la que creemos que la futura ciencia del microbioma se alejará cada vez más de los sencillos resúmenes bacterianos hacia:

• análisis a nivel de ecosistema
• interpretación funcional
• interacciones microbianas
• enfoques de biología de sistemas

Las tecnologías de secuenciación modernas están haciendo que este tipo de información sea cada vez más accesible.

Creemos que las pruebas del microbioma deben educar, no simplificar en exceso

Otra razón por la que fundamos Bactera fue la frustración con la forma en que la comunicación sobre el microbioma a menudo se vuelve excesivamente simplificada.

El microbioma sigue siendo un campo científico joven. Muchas relaciones entre los microorganismos y la salud humana aún se están investigando activamente. Sin embargo, a veces se presentan a los consumidores conclusiones extremadamente definitivas a partir de datos relativamente limitados.

Creemos que se necesita un enfoque más honesto y científicamente responsable.

Eso significa:

• centrarse en la transparencia
• separar claramente la ciencia de la especulación
• evitar promesas exageradas
• presentar la información sobre el microbioma de una manera educativa y comprensible

Nuestro objetivo no es reducir el microbioma a una narrativa simplista de «bacterias buenas vs. bacterias malas».

En cambio, queremos ayudar a las personas a comprender mejor la complejidad del mundo microbiano que vive dentro de ellas.

Más allá de las pruebas: construir una plataforma de investigación del microbioma

Para nosotros, el análisis del microbioma es solo una parte de una visión mucho más amplia.

Bactera se fundó no solo como una empresa de pruebas del microbioma, sino también como una plataforma de investigación del microbioma a largo plazo centrada en comprender más profundamente los ecosistemas microbianos.

Nuestros intereses más amplios incluyen:

• secuenciación del microbioma intestinal
• investigación de bacteriófagos
• restauración del ecosistema microbiano
• análisis funcional del microbioma
• futuros enfoques terapéuticos basados en el microbioma

Creemos que la próxima generación de la ciencia del microbioma vendrá de integrar la secuenciación, la bioinformática, la ecología y la biología de sistemas, no solo de listas bacterianas aisladas.

Por qué esto importa

El microbioma humano contiene millones de genes microbianos: mucha más información genética que el propio genoma humano⁴.

Apenas estamos empezando a comprender lo que esto significa.

La ciencia moderna del microbioma aún tiene muchas preguntas sin respuesta. Pero una cosa ya está clara:

El futuro del análisis del microbioma probablemente será cada vez más de alta resolución, centrado en los ecosistemas y basado en datos.

Ese futuro es lo que nos inspiró a crear Bactera.

No porque creamos que la ciencia del microbioma ya tiene todas las respuestas, sino porque creemos que apenas estamos comenzando a descubrir la verdadera complejidad del mundo microbiano.

¿Quieres ver cómo se ve esta profundidad en la práctica? Aprende cómo funciona el análisis de tu flora intestinal.

Referencias científicas

1. Huttenhower C et al. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012.
2. Quince C et al. Shotgun metagenomics, from sampling to analysis. Nat Biotechnol. 2017.
3. Lloyd-Price J et al. Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases. Nature. 2019.
4. Qin J et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010.