16S versus shotgun-sequencing: wat is het verschil?

16S-sequencing is een gevestigde methode voor het analyseren van bacteriële gemeenschappen. De methode onderzoekt niet het volledige DNA van een monster, maar richt zich op een specifiek deel van het bacteriële 16S-rRNA-gen².

Dit gen komt voor in bacteriën en bevat gebieden die verschillen tussen diverse bacteriegroepen. Hierdoor is het mogelijk om te schatten welke bacteriegroepen in een monster aanwezig zijn.

16S-sequencing wordt al vele jaren gebruikt in microbioomonderzoek en heeft belangrijke bijdragen geleverd aan ons begrip van bacteriële ecosystemen. Het kan nog steeds nuttig zijn, vooral voor grote onderzoeken, eerste overzichten of budgetbewuste projecten.

Het grote voordeel ervan ligt in de eenvoud: de methode is relatief goedkoop, goed gevestigd en biedt een breed overzicht van bacteriële samenstellingen. Tegelijkertijd heeft de methode duidelijke beperkingen, vooral als het gaat om hoge taxonomische resolutie, schimmels, virussen of functionele informatie.

Een belangrijk verschil tussen 16S en shotgun is dat er verder wordt gekeken dan alleen naar bacteriën.

16S-sequencing richt zich voornamelijk op bacteriën. Dat is wetenschappelijk gezien logisch wanneer dat precies de centrale vraag is. Het darmmicrobioom bestaat echter niet alleen uit bacteriën. Schimmels, virussen, bacteriofagen en archaea maken ook deel uit van het microbiële ecosysteem in de darmen⁶.

Shotgun-sequencing kan deze bredere microbiële wereld effectiever in kaart brengen. Dit geeft een completer beeld van het darmmicrobioom: niet alleen als een lijst van bacteriën, maar als een complex netwerk van verschillende micro-organismen.

Met name in modern microbioomonderzoek worden deze interacties steeds belangrijker. De stabiliteit, diversiteit en functie van het microbioom ontstaan namelijk niet alleen door individuele bacteriën, maar door het samenspel van veel verschillende microbiële groepen.

Bij Bactera gebruiken we voor Microbiome 360° moderne shotgun-sequencing, omdat we het darmmicrobioom zo uitgebreid en wetenschappelijk diepgaand mogelijk willen analyseren.

Ons doel is niet slechts een eenvoudig overzicht van bacteriegroepen. We willen je een genuanceerd beeld geven van je microbioom, met informatie over microbiële diversiteit, bacteriële samenstelling, schimmels, virussen, resistentiegenen en functioneel potentieel.

Shotgun-metagenomica past daarom beter bij onze wetenschappelijke standaarden: hoge resolutie, datagestuurd en toekomstgericht.

Als je je darmflora thuis wilt analyseren, maakt Microbiome 360° een moderne microbioomanalyse mogelijk met een diepere biologische classificatie dan klassieke methoden.