Perché abbiamo fondato Bactera: perché la maggior parte dei test sul microbioma non riesce ancora a cogliere il quadro generale

Il microbioma intestinale umano è diventato uno degli argomenti più discussi nella scienza medica moderna. Ogni anno, migliaia di nuovi studi esplorano come i trilioni di microrganismi che vivono nell'intestino possano interagire con la nutrizione, il metabolismo, l'immunità, lo stile di vita e l'ecosistema umano più ampio.

Allo stesso tempo, i test sul microbioma sono diventati sempre più accessibili. Più persone che mai sono interessate a comprendere il proprio microbioma intestinale, spesso attraverso semplici test domestici che promettono informazioni personalizzate sulla composizione batterica e sulla salute intestinale.

Ma, per quanto affascinante sia questo campo, riteniamo che ci sia un problema importante di cui si parla raramente apertamente:

Molte analisi del microbioma catturano ancora solo una piccola frazione dell'ecosistema microbico.

E questa consapevolezza è stata una delle ragioni per cui è nata Bactera.

Il problema di osservare il microbioma attraverso un buco della serratura

Il microbioma intestinale è incredibilmente complesso. Contiene non solo batteri, ma anche virus, batteriofagi, funghi, archei e milioni di geni microbici che interagiscono all'interno di un ecosistema in costante evoluzione¹.

Tuttavia, molti test tradizionali sul microbioma si basano ancora su metodi analitici relativamente limitati, focalizzati principalmente su regioni batteriche marcatori selezionate. Sebbene questi metodi abbiano svolto un ruolo importante nella ricerca sul microbioma, spesso forniscono solo un'istantanea limitata del più ampio mondo microbico.

Per noi, questo sembrava un po' come cercare di comprendere un'intera foresta pluviale guardando solo poche foglie.

Potreste vedere una parte del quadro, ma vi sfugge la complessità dell'ecosistema stesso.

E nella scienza del microbioma, l'ecosistema è importante.

Perché abbiamo scelto la metagenomica shotgun

Fin dall'inizio, volevamo che Bactera si concentrasse sull'analisi moderna e basata sulla ricerca del microbioma.

Ecco perché abbiamo scelto il sequenziamento metagenomico shotgun come base della nostra piattaforma.

A differenza degli approcci mirati tradizionali, il sequenziamento shotgun analizza il DNA microbico totale all'interno di un campione². Invece di concentrarsi solo su regioni batteriche selezionate, consente una visione più ampia e dettagliata dell'ecosistema del microbioma.

Ciò significa che l'analisi può potenzialmente includere:

• diversità batterica
• risoluzione a livello di specie
• funghi e lieviti
• virus e batteriofagi
• potenziale funzionale microbico
• geni associati alla resistenza

Per noi, questo non era semplicemente un aggiornamento tecnologico.

Rappresentava una filosofia diversa:
considerare il microbioma come un complesso ecosistema biologico piuttosto che come una semplice lista di batteri.

Il futuro della scienza del microbioma riguarda gli ecosistemi

Uno degli sviluppi più entusiasmanti nella ricerca sul microbioma è la crescente consapevolezza che i microrganismi non esistono in isolamento.

I batteri interagiscono tra loro.
I virus influenzano le popolazioni batteriche.
La dieta modella le comunità microbiche.
Stress, sonno, antibiotici e stile di vita alterano continuamente l'ecosistema.

Il microbioma si comporta meno come un catalogo batterico statico e più come una rete vivente e dinamica³.

Ecco anche il motivo per cui riteniamo che la futura scienza del microbioma si sposterà sempre più oltre i semplici riepiloghi batterici verso:

• analisi a livello di ecosistema
• interpretazione funzionale
• interazioni microbiche
• approcci di biologia dei sistemi

Le moderne tecnologie di sequenziamento stanno finalmente rendendo questo tipo di informazioni più accessibili che mai.

Riteniamo che i test sul microbioma debbano educare, non semplificare eccessivamente

Un altro motivo per cui abbiamo fondato Bactera è stata la frustrazione per quanto la comunicazione sul microbioma diventi spesso eccessivamente semplificata.

Il microbioma è ancora un campo scientifico giovane. Molte relazioni tra microrganismi e salute umana sono ancora oggetto di ricerca attiva. Eppure, ai consumatori vengono talvolta presentate conclusioni estremamente definitive basate su dati relativamente limitati.

Riteniamo sia necessario un approccio più onesto e scientificamente responsabile.

Ciò significa:

• concentrarsi sulla trasparenza
• separare chiaramente la scienza dalle congetture
• evitare promesse esagerate
• presentare le informazioni sul microbioma in modo educativo e comprensibile

Il nostro obiettivo non è ridurre il microbioma a una narrativa semplicistica di "batteri buoni contro batteri cattivi".

Invece, vogliamo aiutare le persone a comprendere meglio la complessità del mondo microbico che vive dentro di loro.

Oltre i test: costruire una piattaforma di ricerca sul microbioma

Per noi, l'analisi del microbioma è solo una parte di una visione molto più ampia.

Bactera è stata fondata non solo come azienda di test sul microbioma, ma anche come piattaforma di ricerca a lungo termine sul microbioma, focalizzata sulla comprensione più profonda degli ecosistemi microbici.

I nostri interessi più ampi includono:

• sequenziamento del microbioma intestinale
• ricerca sui batteriofagi
• ripristino dell'ecosistema microbico
• analisi funzionale del microbioma
• futuri approcci terapeutici basati sul microbioma

Riteniamo che la prossima generazione della scienza del microbioma nascerà dall'integrazione di sequenziamento, bioinformatica, ecologia e biologia dei sistemi, non solo da liste batteriche isolate.

Perché questo è importante

Il microbioma umano contiene milioni di geni microbici: una quantità di informazioni genetiche enormemente superiore a quella del genoma umano stesso⁴.

Stiamo solo iniziando a comprendere cosa significhi.

La moderna scienza del microbioma ha ancora molte domande senza risposta. Ma una cosa è già chiara:

Il futuro dell'analisi del microbioma sarà probabilmente sempre più ad alta risoluzione, focalizzato sugli ecosistemi e guidato dai dati.

Questo futuro è ciò che ci ha ispirato a creare Bactera.

Non perché pensiamo che la scienza del microbioma abbia già tutte le risposte, ma perché riteniamo di essere solo all'inizio della scoperta della vera complessità del mondo microbico.

Vuoi vedere come si traduce questa profondità nella pratica? Scopri come funziona l'analisi della flora intestinale.

Riferimenti scientifici

1. Huttenhower C et al. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012.
2. Quince C et al. Shotgun metagenomics, from sampling to analysis. Nat Biotechnol. 2017.
3. Lloyd-Price J et al. Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases. Nature. 2019.
4. Qin J et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010.