Waarom we Bactera zijn gestart: waarom de meeste microbioomtesten nog steeds het grotere geheel missen

Het menselijke darmmicrobioom is uitgegroeid tot een van de meest besproken onderwerpen in de moderne gezondheidswetenschap. Elk jaar onderzoeken duizenden nieuwe studies hoe de biljoenen micro-organismen die in de darmen leven, kunnen interageren met voeding, metabolisme, immuniteit, levensstijl en het bredere menselijke ecosysteem.

Tegelijkertijd is microbiomenonderzoek steeds toegankelijker geworden. Meer mensen dan ooit zijn geïnteresseerd in het begrijpen van hun darmmicrobioom, vaak via eenvoudige thuistests die beloven gepersonaliseerd inzicht te bieden in de bacteriële samenstelling en darmgezondheid.

Maar hoewel dit veld fascinerend is, geloven we dat er een belangrijk probleem is dat zelden openlijk wordt besproken:

Veel microbiomenanalyses leggen nog steeds slechts een klein deel van het microbiële ecosysteem vast.

En dat besef was een van de redenen waarom Bactera is opgericht.

Het probleem van het microbioom door een sleutelgat bekijken

Het darmmicrobioom is ongelooflijk complex. Het bevat niet alleen bacteriën, maar ook virussen, bacteriofagen, schimmels, archaea en miljoenen microbiële genen die interageren binnen een voortdurend veranderend ecosysteem¹.

Toch vertrouwen veel traditionele microbiomenonderzoeken nog steeds op relatief smalle analysemethoden die zich voornamelijk richten op geselecteerde bacteriële markerregio's. Hoewel deze methoden een belangrijke rol hebben gespeeld in microbiomenonderzoek, bieden ze vaak slechts een beperkt momentopname van de bredere microbiële wereld.

Voor ons voelde dit een beetje als een hele regenwoud proberen te begrijpen door naar een paar bladeren te kijken.

Je ziet misschien een deel van het plaatje, maar je mist de complexiteit van het ecosysteem zelf.

En in de microbiomenwetenschap is het ecosysteem van belang.

Waarom we hebben gekozen voor shotgunmetagenomics

Vanaf het begin wilden we dat Bactera zich richtte op moderne, op onderzoek gebaseerde microbiomenanalyse.

Daarom hebben we shotgunmetagenomische sequencing gekozen als de basis van ons platform.

In tegenstelling tot traditionele gerichte benaderingen analyseert shotgunsequencing het totale microbiële DNA in een monster². In plaats van zich te richten op slechts geselecteerde bacteriële regio's, maakt het een bredere en gedetailleerdere blik op het microbiomenecosysteem mogelijk.

Dit betekent dat de analyse potentieel het volgende kan omvatten:

• bacteriële diversiteit
• resolutie op soortniveau
• schimmels en gisten
• virussen en bacteriofagen
• microbieel functioneel potentieel
• resistentie-geassocieerde genen

Voor ons was dit niet zomaar een technologische upgrade.

Het vertegenwoordigde een andere filosofie:
het microbioom bekijken als een complex biologisch ecosysteem in plaats van slechts een lijst met bacteriën.

De toekomst van microbiomenwetenschap draait om ecosystemen

Een van de meest opwindende ontwikkelingen in microbiomenonderzoek is het groeiende besef dat micro-organismen niet geïsoleerd bestaan.

Bacteriën interageren met elkaar.
Virussen beïnvloeden bacteriële populaties.
Dieet vormt microbiële gemeenschappen.
Stress, slaap, antibiotica en levensstijl veranderen het ecosysteem voortdurend.

Het microbioom gedraagt zich minder als een statische bacteriële catalogus en meer als een dynamisch levend netwerk³.

Dit is ook de reden waarom we geloven dat de toekomstige microbiomenwetenschap zich steeds meer zal verplaatsen van eenvoudige bacteriële samenvattingen naar:

• analyse op ecosysteemniveau
• functionele interpretatie
• microbiële interacties
• systemische biologiebenaderingen

Moderne sequencingtechnologieën maken dit soort inzichten eindelijk toegankelijker dan ooit tevoren.

We geloven dat microbiomenonderzoek moet onderwijzen, niet versimpelen

Een andere reden waarom we Bactera zijn gestart, was de frustratie over hoe vaak de communicatie over het microbioom wordt oververeenvoudigd.

Het microbioom is nog steeds een jong wetenschappelijk veld. Veel relaties tussen micro-organismen en de menselijke gezondheid worden nog steeds actief onderzocht. Toch worden consumenten soms gepresenteerd met uiterst definitieve conclusies op basis van relatief beperkte gegevens.

We geloven dat een eerlijkere en wetenschappelijk verantwoorde benadering nodig is.

Dat betekent:

• focus op transparantie
• duidelijk scheiden van wetenschap en speculatie
• overdreven beloften vermijden
• microbiomeninzichten op een educatieve en begrijpelijke manier presenteren

Ons doel is niet om het microbioom te reduceren tot een simplistisch "goede bacteriën versus slechte bacteriën"-verhaal.

In plaats daarvan willen we mensen helpen beter te begrijpen hoe complex de microbiële wereld in hen is.

Verder dan testen: een platform voor microbiomenonderzoek opbouwen

Voor ons is microbiomenanalyse slechts één deel van een veel grotere visie.

Bactera is niet alleen opgericht als een bedrijf voor microbiomenonderzoek, maar ook als een langdurig platform voor microbiomenonderzoek met de focus op een dieper begrip van microbiële ecosystemen.

Onze bredere interesses omvatten:

• darmmicrobioomsequencing
• bacteriofagenonderzoek
• herstel van microbiële ecosystemen
• functionele microbiomenanalyse
• toekomstige therapeutische benaderingen op basis van het microbioom

We geloven dat de volgende generatie microbiomenwetenschap voort zal komen uit het integreren van sequencing, bio-informatica, ecologie en systemische biologie, en niet alleen uit geïsoleerde bacteriële lijsten.

Waarom dit ertoe doet

Het menselijke microbioom bevat miljoenen microbiële genen: vele malen meer genetische informatie dan het menselijke genoom zelf⁴.

We beginnen pas te begrijpen wat dit betekent.

De moderne microbiomenwetenschap heeft nog steeds veel onbeantwoorde vragen. Maar één ding is al duidelijk:

De toekomst van microbiomenanalyse zal waarschijnlijk steeds meer hoog-resolutie, ecosysteemgericht en datagestuurd worden.

Die toekomst is wat ons inspireerde om Bactera op te bouwen.

Niet omdat we denken dat de microbiomenwetenschap al alle antwoorden heeft, maar omdat we geloven dat we pas aan het begin staan van het ontdekken van de werkelijke complexiteit van de microbiële wereld.

Wil je zien hoe deze diepgang er in de praktijk uitziet? Lees hoe het analyseren van je darmflora werkt.

Wetenschappelijke referenties

1. Huttenhower C et al. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012.
2. Quince C et al. Shotgun metagenomics, from sampling to analysis. Nat Biotechnol. 2017.
3. Lloyd-Price J et al. Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases. Nature. 2019.
4. Qin J et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010.